底泥的管理需遵循恢復空間、清除氧債、補充氧庫、保持肥力的原則，方能保證底質處于良好的狀態。底泥土壤可分為沙土、壤土、粉土、黏土等類型，不同的土壤所對應的pH值、保水性、密度、滲透性等屬性均不相同，在進行底質處理時，應根據土壤的特性進行靈活修復。

平時在重慶水產養殖生產中我們應主要關注兩個問題，一是水體分層問題，二是底泥的適時翻動問題。水體分層會使上下層水體對流受阻，促進氧債的形成，水體分層可在適當的時候開動增氧機或涌浪機進行消除。底泥的翻動有助于底泥氧債的消除和促進上下水體的物質交換，可使用鋼鏈、拉網等工具進行底泥刮動，促進亞鹽、硫化物、有機質、營養鹽等物質釋放到水體。消除水體分層以及底泥的適時翻動均能有效地改善池塘底部的環境。

對池塘底質除了日常的生產管理外，還需定期對池塘底質進行改良，特別是重慶水產養殖中后期池塘。池塘的改良目前主要通過物理、化學、生物方法來實現。

物理方法

物理方法常見的是池塘清淤，清塘挖淤通常在冬季或早春等生產淡季進行，一般是先將池塘水抽干，經曬塘后用挖土機挖除淤泥。生產實踐證明，草、魴、鯉魚的池塘底泥以10~15 cm為宜。為保持良好的水質，每隔1~2年應清除過多的暗黑色淤泥。生產上有時需要在不排干池塘水的情況下進行清淤，可使用船式清淤機或潛水式清淤機進行操作。

此外，將池塘水排干后，通過暴曬底部或者冬季冰凍池底也可達到改良底質的效果。該方法在殺滅底部致病細菌的同時，還可提高池塘肥力。底質淤泥通過與空氣接觸面積的增加，促進淤泥中有機物的氧化分解，為池塘注水后向水體提供更多的營養鹽。

化學方法

Z常使用的是生石灰清塘。其原理為：生石灰遇水后發生化學反應，生成熟石灰，水體PH值升高，同時放出大量熱量，可中和水中的各種有機酸，改變酸性環境，有利于底部分解有機質細菌的繁殖，促進底部營養鹽的釋放，增加水質肥力。同時，有報道指出，施用生石灰可增加水體透明度，有利于浮游植物的光合作用。使用生石灰時可帶水清塘，也可進行干法清塘。但是，需注意的是，對有機質貧乏的塘，不宜使用生石灰，否則會加劇有機物的分解，使有機物的積存量更少，池塘肥力下降，再恢復較為困難。除生石灰外，生產上也常用二氧化氯或復合型底質改良劑進行底質改良，如過氧化鈣顆粒改良劑，投入水中能迅速增氧，促進硝化作用，從而降低水中的氨氮、亞鹽、硫化物的含量，還能補充生物生長所需的鈣，并使底質疏松透氣，促進有機質的分解。

生物方法

在池塘中混養一些能攪動底泥的魚類，如塘鲺、黃姑魚、鯉魚、鯽魚、鯪魚等，依靠其對底泥進行攪動達到改良的目的，此方法雖然方便，但難以控制。目前多使用光合細菌及復合益生菌等微生物制劑來對池塘底質進行改良。光合細菌可在弱光、硫化氫和有機物豐富的池底繁殖生活，并將這些物質轉化為自身的物質，同時光合細菌本身可被其它動物攝食，是構成池塘的物質循環與食物鏈的重要環節。光合細菌在池底污染嚴重或水質不良而又無法換水的養殖池塘中發揮的作用較明顯。復合型微生物底質改良劑能發揮各菌種的協同作用，將殘餌、糞便、尸體等物及時分解消除。在池塘養殖過程中，可不定期使用0.2~0.3 mg/L枯草芽孢桿菌、EM菌等微生物制劑，不僅能改善底質和水質，還能控制病原微生物及其病害的蔓延。